1949年建政為云江鄉(xiāng)黃垟村。
1955年初級社時，為黃垟農(nóng)業(yè)社。
1956年高級社時，黃垟、高旺、卓岙、徐庫橋合并于卓岙高級社。
1961年公社化時為高旺、卓岙、黃垟三個大隊。
1984年改置黃垟村委會。
1992年6月云江、周萇二鄉(xiāng)合并，改稱云周鄉(xiāng)，黃垟村委會隨屬云周鄉(xiāng)。
2000年8月，云周鄉(xiāng)并到飛云鎮(zhèn)，改稱云周辦事處，黃垟村委會隨屬云周辦事處；2011年屬飛云街道辦事處管轄。
2015年從飛云街道析置云周街道。
2019年撤銷云周街道黃垟村民委員會，設(shè)立黃垟社區(qū)居民委員會。