原水坑村以駐地得名。
清道光《樂清縣志》載名水坑，屬瑞應(yīng)鄉(xiāng)十五都。
因村后山坑溪水流經(jīng)村旁江河注入大河，方言亦稱“溪”為坑，故名。
1949年5月后為水坑村，屬望杏鄉(xiāng)；1956年屬東聯(lián)鄉(xiāng)；1958年公社化時成立水坑大隊(duì)，屬東聯(lián)管理區(qū)；1961年屬東聯(lián)公社；1984年政社分設(shè)，改稱水坑行政村，屬東聯(lián)鄉(xiāng)；1992年撤、擴(kuò)、并后為水坑村，屬虹橋鎮(zhèn)。
原灣底村以村居山灣里得名。
1949年5月后為灣底村，屬望杏鄉(xiāng)；1956年屬東聯(lián)鄉(xiāng)；1958年公社化時成立灣底大隊(duì)，屬東聯(lián)管理區(qū)；1961年屬東聯(lián)公社；1984年政社分設(shè)，改稱灣底行政村，屬東聯(lián)鄉(xiāng)；1992年撤、擴(kuò)、并后為灣底村，屬虹橋鎮(zhèn)。
2019年5月，由原水坑村、灣底村行政區(qū)域合并成立本村。