湖州在五帝夏禹時為防風氏（都城在今德清縣武康境內）之地，夏禹滅防風氏其地歸屬揚州，直至商文丁時，吳太伯與其弟仲雍奔荊蠻自號“勾吳”，建立吳國時湖州地屬勾吳。
即“三吳”（蘇州湖州會稽）之一。
周元王三年（473）越滅吳，地屬越國。
周顯王三十五年（334）楚滅越，地屬楚國。
楚考烈王十五年（248），春申君黃歇徙封于此，在此筑城，始置“菰城縣”。
秦王政二十五年（222），置烏程縣。
三國東吳烏程侯寶鼎元年（266）分吳、丹陽兩郡置吳興郡。
隋仁壽二年（602年），以地濱太湖而名“湖州”，為湖州設立之始。
唐代湖州“吳興郡”為上郡。
武德四年，以烏程縣置。
宋代屬兩浙路十二州之一，“湖州吳興郡”。
元代，湖州屬江浙行省“湖州路”。
元至正二十六年十一月（1366年）為“湖州府”。
十四年十一月（1381年）改隸浙江。
清“湖州府”，隸杭嘉湖道。
民國元年（1912）一月烏程、歸安二縣合并為“吳興縣”。
二月湖屬各縣直隸于省。
1949年于吳興縣城區(qū)置“吳興市”，1950年改為“湖州市”。
1962年撤銷，1970年復置。
1981年撤銷吳興縣并入湖州市。
1983年10月，撤地建市建湖州、嘉興兩個省轄市。
下轄德清、長興、安吉三縣和城區(qū)、郊區(qū)。
1988年撤銷城、郊兩區(qū)建制，1993年設立城區(qū)、南潯、菱湖三區(qū)。
2003年撤銷城區(qū)、南潯、菱湖三區(qū)，設立吳興、南潯兩區(qū)。