西漢屬進(jìn)�？h，東漢屬進(jìn)乘縣，均隸牂牁郡。
蜀漢屬興古郡。
唐為南詔的通海都督轄地。
宋為大理國的最寧府矣尼迦部。
元初屬南路總管府阿僰萬戶府舍資千戶。
明屬云南布政使八寨長官司。
元、明時(shí)期均屬龍氏土司領(lǐng)地。
清康熙六年（1667），“改土歸流”屬開化府。
雍正六年（1728）置馬白關(guān)。
雍正八年（1730）設(shè)馬白同知。
嘉慶二十五年（1820）改馬白同知為安平撫彝同知（稱安平廳）。
光緒十五年（1887）都龍、猛洞等地回歸中國，命名歸仁里，屬安平廳。
光緒三十二年（1906）安平廳自開化府移衙至馬白。
民國初屬蒙自道。
1913年，改安平廳為安平縣，因與貴州安平縣重名，1914年1月改為馬關(guān)縣，始得馬關(guān)地名。
1948年10月，建立馬關(guān)縣人民民主政權(quán)，隸屬云南文山專區(qū)。
1968年10月，成立馬關(guān)縣革命委員會(huì)。
1981年9月，撤銷縣革命委員會(huì)，建立縣人民政府。