吐蕃時期，昌都地區(qū)是東女國和蘇毗部所在地。
元至元十七年（1280年，藏歷第五饒迥鐵龍年），元朝在今昌都市貢覺縣設(shè)“朵甘思宣慰司”，在今昌都市芒康縣設(shè)“亦思麻爾甘軍民萬戶府”。
轄西藏昌都市、那曲市東部以及青海、四川、云南藏區(qū)地方。
明洪武七年（1374年，藏歷第六饒迥木虎年），明朝政府將“朵甘衛(wèi)”升為“朵甘衛(wèi)指揮使司”，其轄區(qū)為今昌都市和那曲市的索縣、巴青、比如、嘉黎，以及青海省玉樹州，四川省甘孜州、阿壩州、云南省迪慶州等藏區(qū)。
是年，又增設(shè)“朵甘思宣慰司及招討司”。
明永樂十三年（1415年，藏歷第七饒迥木羊年），明朝在丁青、邊壩等地增設(shè)了“上邛部衛(wèi)，命頭目掌巴伯為指揮使”。
清順治四年（1647年，藏歷第十一饒迥火豬年），理藩院將原由蒙古王東宮武藏統(tǒng)治的三十九族范圍收歸直接管理。
清雍正四年（1726年，藏歷第十二饒迥火馬年），清中央政府組織四川、云南、西藏三方進行地界勘定。
將現(xiàn)貢覺、左貢、芒康、卡若、洛隆、科麥（均在今昌都市）、察隅（在今林芝市）等地劃歸西藏，將中甸、阿墩子（德欽）、維西等地劃歸云南，將巴塘、理塘、康定、德格等地劃歸四川。
清雍正九年（1731年，藏歷第十二饒迥鐵豬年），清中央政府對黃河源以南的七十九部族進行了劃分，將其中的三十九部族劃歸西藏。
其中一部分在今昌都市丁青縣。
清乾隆十六年（1751年，藏歷第十三饒㢠鐵羊年），清中央政府將三十九部族和達木蒙古八旗，以及今昌都市的芒康、貢覺、邊壩、洛隆等地劃歸駐藏大臣直接管轄。
清宣統(tǒng)元年（1909年，藏歷第十五饒迥土雞年），趙爾豐將察木多、乍丫、江卡劃歸巴安府管轄。
是年6月，德格吐司多吉僧格在趙爾豐的壓力下，“情愿將德格全境人民、土地納還朝廷”，于是對德格吐司的轄區(qū)進行“改流”。
1912年（藏歷第十五饒迥水鼠年）6月，袁世凱電令四川都督伊昌衡、云南都督蔡鍔帥兵從川、滇入藏平亂。
9月，川軍先后攻克貢覺、武城、同普、乍丫、寧靜等地。
隨后以康定為首府，劃西康為兩道，設(shè)五區(qū)，其中昌都為第五區(qū)。
1918年（藏歷第十五饒迥土馬年），藏軍攻占昌都，隨后西藏地方政府在昌都設(shè)立“朵麥基巧”。
1939年1月（藏歷第十六饒迥土兔年），民國中央政府在今四川省康定設(shè)立西康省，將昌都、武城、察雅、鹽井、察隅、碩督、太昭、恩達、九集、貢縣、寧靜、科麥、嘉黎、同普等地方劃入西康省。
1943年（藏歷第十六饒迥水羊年），西藏地方政府在藏北及昌都市西北部的丁青、洛隆、邊壩等地推行宗谿制度。
1950年10月，中國人民解放軍進駐昌都。
1951年1月，昌都地區(qū)召開第一屆各族各界人民代表會議，昌都地區(qū)人民解放委員會宣告成立。
1956年9月，昌都地區(qū)人民解放委員會代行西藏自治區(qū)籌備委員會昌都基巧辦事處職權(quán)。
1959年4月，國務(wù)院命令撤銷“昌都地區(qū)解放委員會”及其所屬“各宗解委會”；解散各宗宗政府。
4月以后，各宗相繼成立縣人民政府。
1960年1月，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，設(shè)立昌都專員公署。
1965年9月，西藏自治區(qū)成立后，昌都專員公署受其領(lǐng)導(dǎo)；1969年4月，昌都地區(qū)革命委員會設(shè)立。
1970年11月，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，昌都專區(qū)更名為昌都地區(qū)。
1978年11月，撤銷昌都地區(qū)“革委會”，設(shè)立昌都地區(qū)行政公署。
2014年10月，《國務(wù)院關(guān)于同意西藏自治區(qū)撤銷昌都地區(qū)設(shè)立昌都市的批復(fù)》（國函〔2014〕143號），同意撤銷昌都地區(qū)設(shè)立昌都市。