喀什全稱“喀什噶爾”，有文字記載的歷史2000多年。
前60年，漢朝在烏壘（今輪臺縣東野云溝南）設置西域都護府后，喀什作為西域一部分，正式納入中國版圖。
南北朝至隋代，今喀什地區(qū)境內(nèi)主要有疏勒、朱俱波、渴盤陀等國，多次遣使至中原朝貢。
唐顯慶三年（658年），唐朝在平定西突厥阿史那賀魯之亂后，在疏勒設置都督府，府下設15個州，范圍囊括今喀什地區(qū)全境及克孜勒蘇柯爾克孜自治州，地域遼闊，為當時有名的“安西四鎮(zhèn)”之一。
它曾有力地維護了西域與內(nèi)地在政治上的統(tǒng)一，保障了盛唐時期“絲綢之路”的暢通。
喀喇汗王朝建立后，這里為其東部重鎮(zhèn)和陪都，“喀什噶爾”一名從此顯見于史籍。
慶歷元年（1041年）前后，喀喇汗王朝分裂為東、西兩部，東喀喇汗王朝建都于喀什噶爾，今地區(qū)轄境屬汗國近畿之地。
1218年后，今喀什地區(qū)境內(nèi)成為蒙古汗國的轄地。
淳口十二年（1252年），蒙古設立別失八里等處行尚書省，喀什噶爾等城受其管轄。
1514年，葉爾羌汗國建立，今喀什地區(qū)為其核心區(qū)域和政治、經(jīng)濟、文化中心。
乾隆二十四年（1758年），清朝在平定大小和卓之亂后，在喀什噶爾設“總理回疆事務參贊大臣”，管理南疆八城（喀什噶爾、英吉沙爾、葉爾羌、和闐、阿克蘇、烏什、庫車、喀喇沙爾）事務。
光緒九年（1883年）設置喀什噶爾道。
1929年改喀什道為喀什行政區(qū)。
1943年設喀什督察專區(qū)。
1949年設喀什專區(qū)。
1954年成立南疆行政區(qū)。
1956年恢復喀什專區(qū)。
1970年改稱喀什地區(qū)，沿用至今。