漢代為匈奴地。
隋屬西突厥。
唐隸北庭都護府，元為蒙古諸王封地。
清代先后隸屬科布多參贊大臣、阿爾泰辦事大臣管轄。
1919年，阿勒泰改隸新疆，屬阿山道布倫托海縣佐。
1937年，始設可可托海設治局，隸屬阿山行政區(qū)，駐地可可托海。
1941，升為縣，定名為富蘊，隸屬阿山行政區(qū)，縣政府設在可可托海。
1950年，富蘊縣成立，隸屬阿勒泰地區(qū)管轄。
1954年屬阿勒泰專區(qū)。
1958年成立高潮公社、幸福公社、紅旗公社、永紅公社，成立吐爾洪一牧場、喀拉布勒根二牧場。
1984年，成立庫額爾齊斯鎮(zhèn)、可可托海鎮(zhèn)，成立克孜勒希力克鄉(xiāng)、庫爾特鄉(xiāng)、鐵買克鄉(xiāng)、吐爾洪鄉(xiāng)、杜熱鄉(xiāng)、喀拉布勒根鄉(xiāng)。
2002年，成立恰庫爾圖鎮(zhèn)。