西漢時(shí)，屬西域三十六國(guó)之一的尉頭國(guó)，隸屬西域都護(hù)府。
魏晉南北朝時(shí)期，尉頭并入龜茲國(guó)。
唐在古尉頭國(guó)地置尉頭州，隸屬龜茲都督府。
元朝為察哈臺(tái)后王之封地。
明末至清初屬葉爾羌汗國(guó)統(tǒng)治，后屬準(zhǔn)噶爾。
清乾隆二十四年（1759），置烏什辦事大臣，布魯特（柯?tīng)柨俗危┯文恋墓讼睦眨ü盼绢^，今阿合奇）地區(qū)與鄰近的烏什地區(qū)合并歸其管轄。
清光緒九年（1883）置烏什直隸廳，屬阿克蘇道。
1913年改烏什直隸廳為烏什縣，隸屬阿克蘇道。
1940年8月，阿合奇正式從烏什縣劃出單獨(dú)設(shè)縣，初稱(chēng)設(shè)治局，治所在阿合奇（今哈拉奇鄉(xiāng)阿合奇村）。
1941年8月，設(shè)治局從阿合奇遷至吾曲（即今縣城阿合奇鎮(zhèn)）。
1944年升格為阿合奇縣。
1950年4月25日，阿合奇縣人民政府成立，屬阿克蘇專(zhuān)員公署。
1954年7月，劃歸克孜勒蘇柯?tīng)柨俗巫灾螀^(qū)（1955年改稱(chēng)自治州）。