1951年，屬巴中縣義興鄉(xiāng)管轄。
1952年，屬九鎮(zhèn)鄉(xiāng)管轄。
1956年，屬三合鄉(xiāng)管轄。
1957年，屬九鎮(zhèn)鄉(xiāng)管轄。
1958年，設立包樹梁管理區(qū)。
1962年，更名為包樹梁生產(chǎn)大隊，簡稱包樹梁大隊，又稱二大隊。
1969年，更名為包樹梁大隊革命委員會。
1981年，復名包樹梁生產(chǎn)大隊。
1984年，全國實行政社分設，撤銷包樹梁生產(chǎn)大隊，設立包樹梁村村民委員會，簡稱包樹梁村村委會。
1993年，屬巴中市（縣級）漁溪鎮(zhèn)管轄。
1996年，屬九鎮(zhèn)鄉(xiāng)管轄。
2000年，屬巴中市巴州區(qū)九鎮(zhèn)鄉(xiāng)管轄。
2013年，屬巴中市恩陽區(qū)九鎮(zhèn)鄉(xiāng)管轄。
2019年，行政區(qū)劃調(diào)整，劃歸九鎮(zhèn)管轄。
2020年，村級建制調(diào)整，將石洞寺村、包樹梁村合并，設包樹梁村。