1949年-1952年屬陽曲縣第七區(qū)小崗頭行政村下轄的自然村。
1953年-1955年屬陽曲縣第七區(qū)稱店子底鄉(xiāng)。
1956年-1957年設(shè)侯村鄉(xiāng)屬“寶山花果社”社下轄的自然村。
1958年8月，中共中央作出《關(guān)于在農(nóng)村建立人民公社問題的決議》，我國全面開展人民公社化運(yùn)動(dòng)，實(shí)行政社合一、撤鄉(xiāng)建社，農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社改稱生產(chǎn)大隊(duì)，更名為店子底大隊(duì)。
1960年公社以駐地命名，設(shè)人民公社屬黃寨公社店子底營區(qū)。
1961年-1982年設(shè)侯村公社稱店子底大隊(duì)。
1983年10月，中共中央、國務(wù)院聯(lián)合發(fā)出《關(guān)于實(shí)行政社分開建立鄉(xiāng)政府的通知》，要求實(shí)行政社分開，恢復(fù)鄉(xiāng)，建立鄉(xiāng)人民政府，把人民公社管理委會(huì)改為鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）建制，生產(chǎn)大隊(duì)改為村民委員會(huì)（簡稱村委），更名為店子底村委會(huì)。
1984至今歸屬侯村鄉(xiāng)，一直沿用至今。