清道光二十三年（1843）、民國二十一年（1932）《陽曲縣志》均載名東南窊村。
1949-1950年歸屬陽曲縣第九區(qū)，1951年-1953年歸屬陽曲縣第三區(qū)大盂鄉(xiāng)，1954年-1957年歸屬陽曲縣大盂鄉(xiāng)，1958年8月，中共中央作出《關于在農村建立人民公社問題的決議》，我國全面開展人民公社化運動，實行政社合一、撤鄉(xiāng)建社，農業(yè)生產(chǎn)合作社改稱生產(chǎn)大隊，更名為東南窊大隊，1958年-1982年歸屬為陽曲縣大盂公社。
1983年10月，中共中央、國務院聯(lián)合發(fā)出《關于實行政社分開建立鄉(xiāng)政府的通知》，要求實行政社分開，恢復鄉(xiāng)，建立鄉(xiāng)人民政府，把人民公社管理委會改為鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）建制，生產(chǎn)大隊改為村民委員會（簡稱村委），更名東南窊村民委員會，1984年-1986年歸屬為大盂鎮(zhèn)，一直沿用至今。