宋始屬來春鄉(xiāng)，清屬夏港鎮(zhèn)，民國時為夏五鄉(xiāng)第7、8、9保。
建國初為三元鄉(xiāng)第3、4、5行政村，1956年為夏港鄉(xiāng)第19、20、22高級社，1958年為夏港公社三元大隊，1968年更名為向陽大隊，1980年復稱為三元大隊。
1984年為夏港鄉(xiāng)三元村村民委員會，1988年為夏港鎮(zhèn)三元村村民委員會。
2008年為夏港街道三元村村民委員會。
2013年區(qū)劃調(diào)整為臨港街道三元村村民委員會，2017年10月，臨港街道撤銷，恢復為夏港街道三元村村民委員會。