萬店村村民委員會所在地，清代隸屬枝江縣第八都，1913年屬東區(qū)；1930年屬第三區(qū)署；1940年6月22日屬淪陷區(qū)偽宜昌縣中央治安維持會分會；1941年3月屬偽宜昌縣政府第六區(qū)署；1942年屬鄉(xiāng)政府暗組江口區(qū)署；1946年屬共安鄉(xiāng)，駐地問安寺；1949年6月屬江口區(qū)署；1949年7月屬問安區(qū)；1955年屬宜都縣問安區(qū)。
萬店村前身是1956年成立的幸福高級農業(yè)社、聯(lián)合高級農業(yè)社，屬宜都縣新場指導組民主鄉(xiāng)；1958年10月更名為幸福生產隊、聯(lián)合生產隊，屬宜都縣問安公社民主管理區(qū)；1961年5月幸福生產隊改為幸福大隊，聯(lián)合生產隊拆分為聯(lián)合大隊、聯(lián)心大隊，屬問安區(qū)民主公社；1962年10月復置枝江縣，屬枝江縣問安區(qū)民主公社；1975年2月撤區(qū)并社，屬問安公社民主管理區(qū)；1981年4月幸福大隊、聯(lián)心大隊分別更名為萬店大隊、靈官廟大隊，屬問安公社民主管理區(qū)；1984年1月分別改為萬店村、靈官廟村，屬問安區(qū)萬店鄉(xiāng)；1987年10月屬江口鎮(zhèn)；2001年3月撤銷江口鎮(zhèn)，屬問安鎮(zhèn)；2002年10月萬店村與靈官廟村合并為萬店村，屬問安鎮(zhèn)至今。