清朝康熙年間屬高橋村，清同治5年屬唐家坪保，歸西鄉(xiāng)管轄。
民國期間屬鮑唐鄉(xiāng)第十一保。
1948年歸東河村，1951年推行土改，歸東河鄉(xiāng)，1955年推行合作化，稱陳家灣農(nóng)業(yè)合作社，屬鮑峽區(qū)管轄。
1958年人民公社化，取名為聯(lián)合大隊，屬紅旗公社東河管理區(qū)管轄。
1962年，聯(lián)合大隊屬鮑峽區(qū)東河公社管轄。
1975年撤區(qū)并社，聯(lián)合大隊屬劃出鮑峽區(qū)的東河、高橋設(shè)置的新東河公社管轄。
1981年，更名為孤山大隊，屬東河公社管轄。
1984年撤社并區(qū)，撤隊改村，為孤山村，屬鮑峽區(qū)東河鄉(xiāng)管轄。
1987年撤區(qū)建鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），孤山村屬東河鄉(xiāng)管轄。
2001年行政體制改革，東河鄉(xiāng)并入鮑峽鎮(zhèn)，孤山村屬鮑峽鎮(zhèn)管轄至今。