南苑街道舊時(shí)稱“萬壽”（因境內(nèi)萬壽橋得名），清時(shí)東湖縣按完糧薄改編為5鄉(xiāng)38鋪，萬壽設(shè)自然小鄉(xiāng)，有9個(gè)自然居住村落，屬德智鄉(xiāng)青草鋪管轄。
民國二十四年（1935）4月，青草鋪與盤石鋪合并，改稱盤青鄉(xiāng)，屬宜昌縣第二區(qū)管轄。
鄉(xiāng)轄內(nèi)的自然村實(shí)行保甲制，萬壽編為第6保，屬盤青鄉(xiāng)管轄。
1949年7月萬壽屬縣政府第八區(qū)（土門埡區(qū)）白洋鄉(xiāng)管轄；1956年5月“萬壽”改稱“萬年”，稱萬年高級(jí)農(nóng)業(yè)合作社，屬第五區(qū)白洋鄉(xiāng)管轄；1958年成立人民公社改名萬年大隊(duì)，屬宜昌市郊區(qū)東湖人民公社管轄；1961年宜昌縣、市區(qū)域調(diào)整，萬年大隊(duì)復(fù)歸宜昌縣土門區(qū)白洋鄉(xiāng)管轄；1970年6月萬年大隊(duì)重新劃入宜昌市，屬窯灣人民公社管轄。
1984年3月宜昌市撤社建鄉(xiāng)，組建窯灣鄉(xiāng)人民政府，原萬年大隊(duì)改稱萬年村民委員會(huì)，屬窯灣鄉(xiāng)管轄。
1988年8月宜昌市在萬年、周家沖、張家三村境內(nèi)成立宜昌經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)，萬年村成建制劃入，屬宜昌經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)管轄；1993年2月萬年村改名為南苑管理區(qū)（原村制保留），屬宜昌東山開發(fā)區(qū)領(lǐng)導(dǎo)管理；2012年11月經(jīng)人民政府批復(fù)同意，原南苑管理區(qū)改建成立南苑街道辦事處，屬西陵區(qū)人民政府的派出機(jī)構(gòu)，委托宜昌高新區(qū)管委會(huì)管理。
自此南苑街道作為基層行政區(qū)域正式形成。