1914年屬中區(qū)，1930年屬第八區(qū)。
1949年屬第六督導區(qū)。
1950年屬第一區(qū)。
1953年屬第八區(qū)。
1958年公社時代，取名水金大隊，屬城關(guān)躍進人民公社管轄。
1961年撤銷以區(qū)為公社的建制，將管理區(qū)改為公社。
1963年水金大隊屬城關(guān)區(qū)磨溪公社管轄。
1981年城關(guān)區(qū)改名江岸區(qū)，水金大隊更名為水晶大隊，屬江岸區(qū)磨溪公社管轄。
1984年撤隊設(shè)水晶村屬磨溪鄉(xiāng)管轄。
1992年2月，貴州省人民政府批準思南縣進行“建鎮(zhèn)并鄉(xiāng)撤區(qū)”工作，同年10月，撤銷涼水井苗族土家族鄉(xiāng)、息樂溪土家族苗族鄉(xiāng)、磨石溪土家族苗族鄉(xiāng)、磨溪鄉(xiāng)、關(guān)口土家族苗族鄉(xiāng)，合并建立涼水井鎮(zhèn)，轄原三個鄉(xiāng)的共30個行政村，水晶村屬涼水井鎮(zhèn)管轄。
2007年4月，縣人民政府下達《關(guān)于撤小村并大村整合的批復》，全縣開展撤小村并大村工作，把全縣561個村合并成168個村，涼水井鎮(zhèn)轄關(guān)口、水晶、磨溪、張家坳、息樂溪、謝家寨、涼水井、胡家莊、磨石溪9個行政村，其中，水晶村由安山村、水晶村、南盆坡村、聯(lián)合村合并而成。
2010年11月16日，思南縣人民政府批準調(diào)整全縣行政區(qū)劃，同意思唐鎮(zhèn)等27個鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政村（社區(qū)）調(diào)整設(shè)置為行政村489個，社區(qū)37個。
涼水井鎮(zhèn)由原30個行政村調(diào)整設(shè)置為29個行政村，1個社區(qū)，水晶村屬涼水井鎮(zhèn)管轄。