1916年，屬西區(qū)許家壩管轄。
1921年8月，屬四區(qū)管轄，1950年2月1日，思南縣人民政府成立，屬五區(qū)管轄，1956年5月11日，將文家店、合朋溪兩區(qū)合并為文家店區(qū)，屬文家店區(qū)管轄。
1958年公社時代，取名蕎子溪大隊，屬文家店公社管轄。
1963年，蕎子溪大隊屬合朋溪區(qū)的場坪公社管轄。
1984年撤隊設蕎子溪村屬合朋溪區(qū)的場坪鄉(xiāng)管轄。
1992年2月，貴州省人民政府批準思南縣進行“建鎮(zhèn)并鄉(xiāng)撤區(qū)”工作，同年10月，撤銷合朋鄉(xiāng)、涼橋鄉(xiāng)、場坪鄉(xiāng)，合并建立合朋溪鎮(zhèn)，轄原三個鄉(xiāng)鎮(zhèn)的共14個行政村，蕎子溪村屬合朋溪鎮(zhèn)管轄。
2007年4月，縣人民政府下達《關于撤小村并大村整合的批復》，全縣開展撤小村并大村工作，把全縣561個村合并成168個村，合朋溪鎮(zhèn)鎮(zhèn)將原14個村合并為6個村，其中，塘池、蕎子溪合并為蕎子溪村。
2010年11月16日，思南縣人民政府批準調(diào)整全縣行政區(qū)劃，合朋溪鎮(zhèn)鎮(zhèn)調(diào)整設置為32個行政村，1個社區(qū)，蕎子溪村屬合朋溪鎮(zhèn)管轄。