1958年建立船山溝生產(chǎn)大隊，1961年9月，屬大興公社船山溝生產(chǎn)大隊。
1963年3月，屬合朋公社船山溝生產(chǎn)大隊。
1983年10月，我國實行政社分設(shè)；1984年，撤銷船山溝生產(chǎn)大隊，設(shè)立船山溝村民委員會，簡稱船山溝村委會，屬合朋鄉(xiāng)。
1992年10月，鋪子灣、合朋、龍溪鄉(xiāng)合置合興土家族鄉(xiāng)，2007年11月根據(jù)《德江縣人民政府關(guān)于復(fù)興土家族鄉(xiāng)并村行政區(qū)域變更的批復(fù)》（德府函〔2007〕117號），撤銷原船山溝村、清明村、合朋村，合并建立合朋村。
2010年11月根據(jù)《德江縣人民政府關(guān)于合興土家族鄉(xiāng)調(diào)整村（社區(qū)）行政區(qū)域的批復(fù)》（德府函〔2010〕110號），撤銷原合朋村，合朋村、清明村、船山溝村。
2012年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)又改為合興鎮(zhèn)船山溝村至今。