民國時(shí)期，實(shí)行新憲制，改區(qū)、聯(lián)保為鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），隸屬板壩鄉(xiāng)；1958年，建立巧馬生產(chǎn)大隊(duì)，成立巧馬生產(chǎn)大隊(duì)管理委員會，隸屬巧馬區(qū)巧馬公社；1984年，冊亨縣行政區(qū)劃變動，巧馬生產(chǎn)大隊(duì)管理委員會更名為巧馬村民委員會，隸屬巧馬鄉(xiāng)；1991年，實(shí)行建鎮(zhèn)并鄉(xiāng)撤區(qū)，孔屯鄉(xiāng)、者告鄉(xiāng)、板壩鄉(xiāng)和巧馬鄉(xiāng)的納賢村、巧馬村合并為巧馬鎮(zhèn)，巧馬村委會隸屬巧馬鎮(zhèn)；1998年，巧馬村委會隸屬巧馬鎮(zhèn)；2007年，實(shí)行村級整合，巧馬村委會隸屬巧馬鎮(zhèn)；2016年，行政區(qū)劃調(diào)整，巧馬村委會隸屬巧馬鎮(zhèn)。