清以前屬廣東南澳深澳區(qū)，稱三澳鄉(xiāng)。
1946年屬深澳鄉(xiāng)，稱村。
1953年為漁業(yè)生產大隊。
1969年改稱村革命委員會。
1975年-1984年，二澳村民陸續(xù)遷至三澳村，1980年為農業(yè)生產大隊。
1984年與吳平寨合為一個鄉(xiāng)，1986年稱拆分稱三澳村民委員會。
1991年稱三澳管理區(qū)，1998年改稱三澳村委會，2004年村居規(guī)模調整與吳平寨合并為東陽村委會，撤銷三澳村委會。
2017年撤銷東陽村民委員會，三澳、吳平寨村再次分設，成立三澳村民委員會，并沿用至今。