南山村歷史悠久，元至正二十年（1360），伍氏先祖從臺山遷來建村。
清道光二十一年(1841)南山村屬新會縣潮連巡檢司龍溪鄉(xiāng)歸德都二圖轄村，清光緒三十三年(1907)改建南山鄉(xiāng)，1952年11月，南山鄉(xiāng)與麥園鄉(xiāng)和金溪鄉(xiāng)合并為南麥金鄉(xiāng)，從新會縣第二區(qū)劃為新會縣第四區(qū)轄，1956年南山并入麻園鄉(xiāng)。
1958年10月成立外海人民公社麻園管理區(qū)南山大隊(duì)。
1963年調(diào)整為外海人民公社南山大隊(duì)。
1977年9月易名為江門市外海人民公社南山大隊(duì)。
1983年稱南山鄉(xiāng)，1986年稱南山村委會，1988年改為南山管理區(qū)，1999年撤區(qū)建村，改建為南山村民委員會，沿用至今。