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1955年10月合并區(qū)、鄉(xiāng)機(jī)構(gòu)后，今水草溝村仍屬肖家鄉(xiāng)轄。
1958年12月成立碧口公社，為碧口公社水草溝大隊(duì)。
1961年公社劃小，為肖家公社水草溝大隊(duì)。
1983年10月肖家公社改為肖家鄉(xiāng)，屬肖家鄉(xiāng)轄。
1984年4月水草溝大隊(duì)改為水草溝村，村下建合作社。
1986年設(shè)立水草溝村村民委員會(huì)，所屬合作社改稱村民小組。
2004年4月撤銷肖家鄉(xiāng)，水草溝村并入中廟鄉(xiāng)，屬中廟鄉(xiāng)轄。
2016年中廟鄉(xiāng)改為中廟鎮(zhèn)，屬中廟鎮(zhèn)轄。