韋姓始祖于明洪武年間從浙江景寧道化遷青竹嶺坑底（后稱南門坑底），卓氏始祖于清康熙三年(1664)從福安縣韓陽坂因水災遷居南門坑底(今清源村)。
1950年11月設清源鄉(xiāng)屬第一區(qū)（鰲陽區(qū)）。
1958年劃歸鰲陽區(qū)登豐公社清源大隊。
1965年撤區(qū)并社，歸岱陽公社清源大隊。
1981年歸清源公社清源大隊。
1984年撤社建鄉(xiāng)，改為清源鄉(xiāng)清源村委會。
2017年9月19日，經(jīng)福建省人民政府（閩政文【2017】318號）批復，同意壽寧縣撤銷清源鄉(xiāng)，設立清源鎮(zhèn)，改為清源鎮(zhèn)清源村委會。
2018年翻新。