周口店鎮(zhèn)在清朝時期（1644年-1911年）為周口里；民國五年（1916年），屬房山縣二區(qū)。
1949年，周口店鎮(zhèn)屬房山縣七區(qū)。
1952年，周口店鎮(zhèn)屬京西礦區(qū)周口店小區(qū)。
1953年，周口店鎮(zhèn)屬京西礦區(qū)周口店鄉(xiāng)。
1956年，周口村鄉(xiāng)并入周口店鄉(xiāng)。
1958年2月，西莊、新街2鄉(xiāng)并入周口店鄉(xiāng)；5月，劃歸周口店區(qū)，并入城關(guān)人民公社。
1960年，周口店鎮(zhèn)屬房山縣。
1961年，城關(guān)人民公社改周口店人民公社；7月，設(shè)周口店鄉(xiāng)。
1963年，周口店鄉(xiāng)改鎮(zhèn)。
1968年，周口店鎮(zhèn)并人周口店人民公社。
1983年，周口店公社改鄉(xiāng)。
1989年，撤鄉(xiāng)設(shè)周口店地區(qū)辦事處。
1993年，黃山店鄉(xiāng)、長溝峪辦事處劃入周口店地區(qū)辦事處。
2000年，在周口店地區(qū)辦事處設(shè)周口店鎮(zhèn)。