宋慶歷八年（1048年），福清縣建10鄉(xiāng)轄50里，后并為7鄉(xiāng)36里，平潭編為海上里、海下里，屬福清縣太平鄉(xiāng)。[6]
元代行政區(qū)劃與宋代相同。
明初，福清分東、西、南、北4隅。正統(tǒng)七年（1442年）南隅分為南上隅、南下隅。成化十八年（1482年）北隅分北一隅、北二隅。嘉靖十一年（1532年）仍為6隅，統(tǒng)36里、15都、112圖。平潭境域分屬南上隅、北一隅、北二隅、西隅。
清雍正八年（1730年），福清縣丞移設于平潭，以候均區(qū)、大墩區(qū)、坑北區(qū)、樸秀區(qū)、酒店區(qū)、斗門區(qū)、莊上區(qū)、敖網(wǎng)區(qū)、南澳區(qū)、芬尾區(qū)、北海區(qū)、高平區(qū)及9個島嶼（東庠、小庠、大練、小練、嶼頭、塘嶼、草嶼、吉釣、牛山）析歸平潭縣丞管轄。[6]
民國元年（1912年）10月至民國14年沿襲清制，劃為21區(qū)。
民國23年（1934年）3月1日設立區(qū)公所，整編保甲，委派保甲長。民國25年（1936年）5月，平潭縣分區(qū)設署，共設3個區(qū)署，轄區(qū)范圍大體與民國15年（1926年）各區(qū)公所所轄范圍一致。一區(qū)區(qū)署設后旺久；二區(qū)區(qū)署設東昆，民國27年（1938年）遷往西院；三區(qū)區(qū)署設蘇澳。
民國26年（1937年）1月實行政教合一，平潭縣3區(qū)設24個聯(lián)保辦公處。一區(qū)轄潭城、東澳、北苑（流水）、富田（大富）、東庠、大中、君山、東霞、正旺等9個聯(lián)保；二區(qū)轄湖南、北厝、西海、芬尾、仙霞、敖東、塘草等7個聯(lián)保；三區(qū)轄龍泉、玉堂、黨塹、沙峰、玉庫、蘇澳、嶼頭、雙練等8個聯(lián)保。[6]
民國28年（1939年）9月，國民政府頒發(fā)《縣各級組織綱要》，整編保甲，撤銷聯(lián)保，平潭縣設立15個鄉(xiāng)鎮(zhèn)分所。
民國31年（1942年）8月，平潭撤銷區(qū)署，改15鄉(xiāng)鎮(zhèn)為2鎮(zhèn)10鄉(xiāng)：潭城鎮(zhèn)、蘇澳鎮(zhèn)、愛群鄉(xiāng)、同仁鄉(xiāng)、塘草鄉(xiāng)、嶼頭鄉(xiāng)、中正鄉(xiāng)、中山鄉(xiāng)、龍泉鄉(xiāng)、潭南鄉(xiāng)、復興鄉(xiāng)、潭東鄉(xiāng)。將原設15鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）時的平沙鄉(xiāng)、中正鄉(xiāng)、東庠鄉(xiāng)合并成立中正鄉(xiāng)；三民鄉(xiāng)、新民鄉(xiāng)合并成立蘇澳鎮(zhèn)。[6]
民國32年（1943年）10月平潭縣改設2鎮(zhèn)、5鄉(xiāng)、89保，撤銷潭東鄉(xiāng)、嶼頭鄉(xiāng)、愛群鄉(xiāng)、同仁鄉(xiāng)、塘草鄉(xiāng)，分別并入潭城鎮(zhèn)、蘇澳鎮(zhèn)、龍泉鄉(xiāng)、復興鄉(xiāng)、潭南鄉(xiāng)。
民國33年（1944年）7月，平潭縣改設潭城、蘇澳、潭東、潭南、復興、龍泉、愛群、中山、中正、東庠、嶼頭、塘草12鄉(xiāng)、91保。民國36年增至92保。
民國38年（1949年）5月6日，平潭人民游擊支隊攻克平潭縣城，13日，經(jīng)中國共產(chǎn)黨閩中工作委員會批準，成立平潭縣人民政府，下劃潭南區(qū)、龍泉鄉(xiāng)、君山鄉(xiāng)、流水鄉(xiāng)、嶼頭鄉(xiāng)、大練鄉(xiāng)、蘇澳鄉(xiāng)、潭城鎮(zhèn)、東庠鄉(xiāng)、潭東鄉(xiāng)10個區(qū)鄉(xiāng)政府。7月2日，游擊隊撤離平潭后，國民政府又沿襲舊制劃分2鎮(zhèn)、5鄉(xiāng)、92保。
民國38年（1949年）9月16日，平潭解放。9月23日成立縣人民政府。民國38年9月至1950年2月平潭設1鎮(zhèn)3區(qū)，潭城鎮(zhèn)，駐地城關；一區(qū)區(qū)公所駐地后旺久，管轄范圍相當今之蘆洋、中樓、流水、東庠、嵐城、澳前等鄉(xiāng)鎮(zhèn)；二區(qū)區(qū)公所駐地北厝，管轄范圍相當今之北厝、敖東、南海等鄉(xiāng)鎮(zhèn)；三區(qū)區(qū)公所駐地蘇澳，管轄范圍相當今之嶼頭、大練、蘇澳、白青、平原等鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
1950年2月至1951年5月設4個區(qū)公所，一、二、三區(qū)區(qū)公所駐地不變，由一區(qū)劃出1鎮(zhèn)6鄉(xiāng)成立四區(qū)，區(qū)公所設潭城鎮(zhèn)。
1951年5月設5個區(qū)。1952年6月至1956年3月，平潭縣設7區(qū)，一區(qū)轄8鄉(xiāng)63村，二區(qū)轄6鄉(xiāng)74村，三區(qū)轄10鄉(xiāng)92村，四區(qū)轄1鎮(zhèn)6鄉(xiāng)90村，五區(qū)轄6鄉(xiāng)44村，六區(qū)轄8鄉(xiāng)56村，七區(qū)轄6鄉(xiāng)54村，平潭縣共1鎮(zhèn)50鄉(xiāng)473村。
1956年3月，區(qū)鄉(xiāng)合并，重新劃分為中樓、蘇澳、北厝3個區(qū)和潭城鎮(zhèn)，中樓區(qū)轄11個鄉(xiāng)，蘇澳區(qū)轄8個鄉(xiāng)，北厝區(qū)轄10個鄉(xiāng)，潭城鎮(zhèn)轄2個鄉(xiāng)。
1958年4月，撤區(qū)并鄉(xiāng)，平潭縣重新劃分為1鎮(zhèn)15鄉(xiāng)，分別為潭城鎮(zhèn)、湖西鄉(xiāng)、敖東鄉(xiāng)、芬尾鄉(xiāng)、塘嶼鄉(xiāng)、草嶼鄉(xiāng)、潭東鄉(xiāng)、蘇澳鄉(xiāng)、國彩鄉(xiāng)、平原鄉(xiāng)、嶼頭鄉(xiāng)、大練鄉(xiāng)、中樓鄉(xiāng)、君山鄉(xiāng)、流水鄉(xiāng)、東庠鄉(xiāng)。
1958年8月建立平潭縣人民公社，設潭城、平原、流水、敖東4個分社，下轄46個大隊。1961年7月人民公社體制變動，平潭縣劃分嶼頭、大練、蘇澳、平原、中樓、東庠、流水、潭城、潭東、北厝、敖東、南海12個人民公社，轄120個生產(chǎn)大隊。1981年11月，從平原公社析出，設白青公社。
1980年4月，潭城人民公社分為城關鎮(zhèn)和嵐城人民公社，1982年9月改稱潭城鎮(zhèn)人民政府。
1984年9月撤銷公社建制，成立鄉(xiāng)鎮(zhèn)人民政府，潭東公社改為潭東鄉(xiāng)，蘆洋農(nóng)場改為蘆洋鄉(xiāng)，保留農(nóng)場單位建制。同年10月蘇澳鄉(xiāng)改設蘇澳鎮(zhèn)，12月潭東鄉(xiāng)更名澳前鎮(zhèn)。
1992年7月22日福建省民政廳批準，撤銷北厝鄉(xiāng)，設立北厝鎮(zhèn)，原管轄區(qū)范圍不變。1994年12月27日福建省民政廳批準，撤銷流水鄉(xiāng)，設立流水鎮(zhèn)，原管轄區(qū)范圍不變。
1995年底平潭縣設5鎮(zhèn)、10鄉(xiāng)、194個村民委員會（其中居民委員會6個）、555個自然村（居民區(qū)）。
2009年7月，根據(jù)國務院《關于支持福建省加快建設海峽西岸經(jīng)濟區(qū)的若干意見》精神，福建省委決定設立平潭綜合實驗區(qū)。